Introducción
El coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), es un nuevo coronavirus que surgió en diciembre de 2019 en Wuhan, China. A pesar de la pronta identificación del virus y las medidas sanitarias implementadas en China, las acciones no evitaron su propagación, culminando en una pandemia1,2. La Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró este nuevo coronavirus como pandemia el 11 de marzo del 2020. Desde su aparición y hasta el 7 de diciembre de 2025, ha provocado 778,994,897 de casos de enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), incluyendo más de siete millones de muertes reportadas3. Desde entonces, la COVID-19 ha representado un reto para la salud pública por su rápida propagación, presentación heterogénea y con una alta prevalencia de infecciones asintomáticas que promueve su transmisión a grupos vulnerables4.
Si bien la identificación inicial y la posterior implementación de métodos de diagnóstico fueron extremadamente rápidas, la pandemia no pudo ser contenida, a diferencia del brote de SARS-CoV-1 de 2002-2003. Una razón para esto es la eficiente propagación del SARS-CoV-2, y en parte debido a las personas asintomáticas que pueden transmitir el virus sin ser detectadas. Debido a la magnitud de la pandemia, la OMS recomendó la realización generalizada de pruebas para el SARS-CoV-25–7. Sin embargo, la respuesta global a la pandemia varió considerablemente, y algunos gobiernos impusieron confinamientos domiciliarios; cierre de escuelas, lugares de trabajo y transporte público y/o restricción de viajes nacionales e internacionales para intentar mitigarla8,9. En la actualidad, intervenciones no farmacológicas, como la administración de dosis de refuerzo de vacuna y el uso de equipo de protección de forma individual, siguen siendo recomendadas con la finalidad de reducir la transmisión y gravedad de la enfermedad10,11. Las pruebas siguen siendo una medida crucial para controlar la transmisión del SARS-CoV-2, ya que la identificación de un caso positivo permite a las personas tomar las medidas adecuadas para prevenir una mayor transmisión, como el aislamiento, el uso de mascarillas y la búsqueda de atención médica12. Además, la evidencia indica que los casos positivos con riesgo de enfermedad grave se benefician de la medicación antiviral temprana. Por lo tanto, la identificación oportuna de estos pacientes de alto riesgo ayuda a reducir el riesgo de progresión a enfermedad grave. A nivel poblacional, las pruebas desempeñan un papel fundamental al identificar a las personas infectadas que, aunque asintomáticas o presintomáticas, propagan la enfermedad. Esto permite a las autoridades sanitarias rastrear la propagación de la infección, implementar intervenciones específicas y asignar recursos de forma eficaz13,14.
La importancia del diagnóstico temprano de los casos de COVID-19 fue reconocida desde las primeras fases de la pandemia y motivó que un gran número de fabricantes abordaran activamente su diseño, desarrollo, validación, verificación, e implementación. Rápidamente se desarrollaron cientos de pruebas moleculares e inmunoensayos. Actualmente, existen más de una decena de kits comerciales de detección de SARS-CoV-2, que han recibido autorización para su uso por la Food and Drug Administration de Estados Unidos (FDA) y por el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológica (InDRE) de México. Los principales tipos de pruebas disponibles son: 1) pruebas que identifican regiones genéticas virales específicas mediante técnicas moleculares, como la amplificación de ácidos nucleicos por reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa en tiempo real (RT-qPCR), considerada actualmente el estándar de oro; 2) pruebas que detectan los anticuerpos producidos por el sistema inmunológico en respuesta a la infección viral (pruebas de serología de inmunoglobulina M e inmunoglobulina G (IgM/IgG); y 3) pruebas de antígeno mediante ensayos de inmunocromatografía de flujo lateral.
La especificidad y sensibilidad de las diferentes técnicas de diagnóstico difiere del momento en el que se realiza la prueba (Figura 1). Durante el periodo de incubación, las pruebas actualmente disponibles son ineficaces, debido a la baja cantidad de RNA, o a la no detección de proteínas virales y la ausencia de anticuerpos. Por lo tanto, se requieren métodos más sensibles para la detección temprana del virus y técnicas como los enfoques basados en clústeres de repeticiones palindrómicas cortas regularmente interespaciadas/Cas (CRISPR/Cas), la PCR digital y la quimioluminiscencia, que se han desarrollado en entornos de investigación han demostrado un mayor rendimiento (Figura 2)15. En esta revisión se describen varios métodos disponibles para la detección sensible y específica del SARS-CoV-2.
Figura 1. Métodos de laboratorio para la detección del SARS-CoV-2.
Figura 2. Nuevas técnicas para el diagnóstico de SARS-CoV-2.
Métodos moleculares
Los métodos moleculares son técnicas que permiten detectar el ADN, ARN y proteínas. Entre las herramientas disponibles, los métodos moleculares destacan por su alta sensibilidad y especificidad, al permitir la detección directa del material genético viral. La reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa en tiempo real (rRT-PCR) es considerada el estándar de oro para el diagnóstico etiológico de la infección por SARS-CoV-2, permitiendo la detección específica de material genético viral en múltiples tipos de muestras clínicas (nasofaríngeas, orofaríngeas, saliva, esputo o heces). La RT-qPCR combina la transcripción reversa y la PCR con la detección fluorescente en tiempo real. El incremento de fluorescencia es proporcional a la cantidad de material genético amplificado, lo que permite detectar y cuantificar el ARN viral16. Los ensayos de RT-qPCR diseñados para SARS-CoV-2 suelen dirigirse a genes altamente conservados del genoma viral, como ORF1ab (incluyendo RdRp), N, E y S. A lo largo de la pandemia se han comercializado múltiples kits con diferente diseño de primers y genes diana17. Más de 350 kits RT-PCR convencionales están disponibles comercialmente, de los cuales al menos 29 han sido autorizados por la FDA para uso clínico en Estados Unidos18.
El rendimiento diagnóstico de los diferentes kits comerciales muestra variabilidad en el límite de detección y sensibilidad, influenciado por el tipo de muestra, la calidad de ésta y el tiempo que ha transcurrido desde el inicio de los síntomas hasta su obtención. Un metaanálisis sistemático que evaluó múltiples estudios sobre PCR comerciales encontró una sensibilidad global promedio del 80.5%, con significativas variaciones entre kits. Los kits como GeneFinder, InBios, NxTAG y Simplexa mostraron mejor rendimiento y se encontró una especificidad global alta, de un 97.9%19. En otro estudio comparativo de detección clínica, varios kits comerciales (Altona, Thermo, Multiplex, Meril, SD Biosensor, LabGun) alcanzaron sensibilidad cercana o igual a 100% para ciertos genes diana, aunque fueron observadas diferencias ligeras entre objetivos genéticos. Aunque todos los kits RT-PCR ofrecen alta especificidad, la sensibilidad clínica varía dependiendo del diseño del kit, número y selección de genes diana, y calidad de las muestras20.
Para realizar la técnica de RT PCR se requieren numerosos pasos manuales, que son largos y propensos a errores. Estos incluyen la preparación de las soluciones, la extracción y la purificación de los ácidos nucleicos y la elaboración de la mezcla maestra para el dispositivo de amplificación. Todo esto requiere equipo especializado y demora la obtención de resultados. Los inconvenientes técnicos pueden evitarse utilizando plataformas de PCR automatizadas. Estas plataformas automatizadas integran los pasos de extracción de ácidos nucleicos, amplificación y lectura de resultados, reducen los riesgos de error humano y aumentan la capacidad instalada de los laboratorios con alta demanda de pruebas. Estos sistemas, como Cepheid Xpert Xpress, BD MAX, Roche cobas y Hologic Aptima, han demostrado alta precisión diagnóstica, con sensibilidad y especificidad generalmente >90 %21.
Durante la pandemia de COVID-19, la amplificación del ARN a partir de muestras de hisopado nasofaríngeo mediante RT-PCR se convirtió en el método más común para diagnosticar la enfermedad y se considera la prueba molecular de referencia para el diagnóstico de COVID-19 y otras enfermedades infecciosas. Sin embargo, la necesidad de equipos especializados y tiempos de respuesta prolongados ha impulsado el desarrollo y validación de métodos alternativos que pueden ampliar la capacidad diagnóstica, reducir tiempos de reporte y facilitar la aplicación en entornos con recursos limitados. Las principales técnicas alternativas son RT-LAMP (amplificación isotérmica), PCR digital (dPCR) y métodos CRISPR/Cas integrados con amplificación isotérmica o independientes. Estos métodos superan algunas de las limitaciones de la PCR, proporcionando soluciones más rápidas, rentables y portátiles.
La RT-LAMP (amplificación isotérmica mediada por bucle con retrotranscripción) es una técnica de diagnóstico molecular rápida y sensible que permite amplificar ácidos nucleicos a temperatura constante (60-65 °C) sin requerir un termociclador. Este método combina la retrotranscripción del ARN viral a ADNc y su posterior amplificación en una única reacción. Para ello, utiliza un conjunto de 4 a 6 cebadores específicos (F3, B3, FIP, BIP y, opcionalmente, LoopF y LoopB) dirigidos a regiones conservadas del genoma viral, tales como N, E, RdRp u ORF1ab. Finalmente, el uso de una ADN polimerasa con actividad de desplazamiento de cadena (Bst) permite la formación de estructuras en bucle, logrando una amplificación exponencial rápida y altamente específica (Figura 3)22.
Figura 3. Fundamento del LAMP para el diagnóstico para la detección SARS-CoV-2.
En comparación con la PCR, la LAMP presenta varias ventajas. Es una tecnología más sencilla y puede operar en condiciones isotérmicas, lo que la hace adecuada para diagnósticos rápidos sin necesidad de equipos de laboratorio complejos. Una limitación notable de la LAMP es su susceptibilidad a la amplificación inespecífica, lo que puede reducir su precisión diagnóstica especialmente en muestras clínicas complejas. Una revisión sistemática centrada en el diagnóstico de la COVID-19 reveló que la sensibilidad y la especificidad combinadas de la LAMP fueron del 92% y el 99%23, respectivamente, mientras que la PCR alcanzó una sensibilidad ligeramente superior, del 96%, y una especificidad del 100%. Por las ventajas y precisión diagnóstica durante la pandemia de COVID-19, la LAMP fue utilizada como una alternativa a la PCR para la detección del virus SARS-CoV-2. El bajo costo y la velocidad de la LAMP la hacen especialmente valiosa en regiones con recursos limitados23.
A lo largo de la pandemia de SARS-CoV-2, la dPCR demostró tener mayor sensibilidad comparada con el estándar de diagnóstico, especialmente para cargas virales bajas o muestras difíciles. Como principio básico, la dPCR divide una mezcla de reacción (que contiene la muestra de ARN/ADN, cebadores, sondas y mezcla de PCR) en miles de microrreacciones individuales (particiones/droplets o microceldas). Cada partición puede contener cero o pocos blancos de nucleótido. Tras la amplificación por PCR, se detecta la presencia o ausencia de señal fluorescente en cada partición (Figura 4), esto permite el cálculo directamente del número de copias en la muestra, sin necesidad de una curva estándar. Numerosos estudios han comprobado que RT-dPCR mejora la detección de SARS-CoV-2 frente a RT-qPCR24–26.
Figura 4. Fundamento del PCR digital para el diagnóstico para SARS-CoV-2.
Pruebas de detección de antígenos
Las pruebas de detección de antígenos constituyen, junto con las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos (NAAT, como la RT-PCR) y la serología, una de las tres metodologías fundamentales para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Su utilidad clínica radica en la rapidez de obtención de resultados y su viabilidad operativa en el punto de atención (point-of-care), permitiendo la descentralización del diagnóstico27–29.
Estos ensayos detectan la presencia directa de proteínas virales en muestras respiratorias. La diana principal es la proteína de la nucleocápside (N) debido a su abundancia relativa y conservación estructural, detectada mediante plataformas de inmunoensayo de flujo lateral (LFA) o inmunofluorescencia (IF)30–32. Estos dispositivos ofrecen resultados cualitativos en un lapso de 15 a 30 minutos, facilitando el triaje en entornos de urgencias y atención primaria32.
La especificidad de las pruebas de antígenos es consistentemente elevada. La revisión sistemática más reciente de Cochrane (2025), que analizó 146 estudios con más de 144,000 muestras, reportó una especificidad promedio del 99.5% (IC 95%: 99.5%-99.6%) en poblaciones asintomáticas, lo que minimiza la ocurrencia de falsos positivos y otorga un alto valor predictivo positivo1. Estudios previos ya situaban este parámetro entre el 99.5% y el 100%32,33. Sin embargo, la sensibilidad es heterogénea y depende críticamente del contexto clínico:
– Personas asintomáticas versus sintomáticas: según el metaanálisis de Cochrane (2025), la sensibilidad promedio en personas asintomáticas es del 55.0% (IC 95%: 50.9%-59.0%), siendo ligeramente superior (58.6%) cuando existe una sospecha epidemiológica de contacto, o en personas sintomáticas en comparación con el tamizaje general (53.0%)28.
– Carga viral (valores de Ct): existe una correlación inversa entre el valor del ciclo umbral (Ct) de la RT-PCR y la sensibilidad del antígeno. La sensibilidad es alta en muestras con alta carga viral (Ct < 25), alcanzando valores de hasta el 100%4. No obstante, el rendimiento desciende en muestras con carga viral baja (Ct > 30-35), con sensibilidades que pueden caer por debajo del 20% en estos subgrupos30,31.
– Impacto de la vacunación y variantes: estudios longitudinales (2020-2023) han observado una disminución en la sensibilidad clínica de las pruebas rápidas a lo largo de la pandemia, reportando una sensibilidad general del 34.5% en entornos de cribado clínico durante la era de la variante Ómicron33. Este fenómeno se asocia a la modificación de la presentación clínica: la vacunación y la inmunidad previa reducen la frecuencia de síntomas clásicos, lo cual correlaciona con cargas virales o tiempos de excreción que pueden limitar la detección antigénica34.
Debido a la cinética viral, la OMS y la evidencia acumulada recomiendan el uso de estas pruebas dentro de los primeros 5 a 7 días del inicio de los síntomas, periodo donde la carga viral es máxima y la correlación con la infectividad es mayor30,34.
Aprovechando esta ventana de oportunidad diagnóstica, la innovación tecnológica ha simplificado las plataformas de flujo lateral para permitir su uso fuera del entorno sanitario, empoderando al usuario para gestionar su propio diagnóstico de manera autónoma con la implementación de autopruebas (self-tests).
Para verificar si esta independencia técnica mantiene el rigor clínico necesario, se llevó a cabo un estudio prospectivo en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas (INER) evaluando el dispositivo Abbott™ PANBIO™ COVID-19 TEST. Los resultados validaron que la autoprueba mantiene una especificidad del 100% (IC 95%: 96.4-100%), indicando una ausencia de falsos positivos cuando es realizado por el paciente sin entrenamiento médico35.
En términos de sensibilidad, el estudio reportó un valor global del 71.2% (IC 95%: 62.5-79.9%). No obstante, se confirmó que el rendimiento es tiempo-dependiente:
– Fase temprana (≤ 48 horas): la sensibilidad alcanzó un 93% cuando la prueba se realizó dentro de los primeros dos días del inicio de los síntomas35.
– Fase tardía (≥ 4 días): la sensibilidad disminuyó al 58% en pacientes con cuatro o más días de sintomatología5.
En conclusión, las pruebas de antígenos son herramientas de alto valor para la confirmación rápida de casos, especialmente en presencia de síntomas y alta carga viral. Un resultado positivo en una autoprueba, particularmente dentro de las primeras 72 horas confirma el diagnóstico con certeza. Sin embargo, dada la sensibilidad variable (34.5%-55% en asintomáticos o vacunados), un resultado negativo no descarta la infección y requiere confirmación mediante RT-PCR si la sospecha clínica persiste.
Pruebas serológicas
Estos ensayos detectan la presencia de anticuerpos, proteínas producidas por el sistema inmunitario en respuesta al contacto con un antígeno. Los anticuerpos también se denominan inmunoglobulinas (Ig). Existen cinco clases de anticuerpos: IgM, IgD, IgG, IgA e IgE, que se diferencian por sus regiones C-terminales. La IgM es el primer anticuerpo producido durante una infección, mientras que la IgG es el más abundante en el suero y aparece de forma más tardía. Los anticuerpos se secretan en mucosas y en sangre, y neutralizan los patógenos al unirse a los antígenos e inactivarlos. Por lo tanto, la neutralización mediada por anticuerpos evita que el virus infecte las células22.
Estas pruebas no se utilizan para el diagnóstico de la infección aguda por SARS-CoV-2 debido a su baja sensibilidad durante la primera semana desde el inicio de los síntomas. Se ha reportado una sensibilidad de hasta el 90% en la segunda semana tras el inicio de los síntomas36. Son útiles para: 1) el diagnóstico retrospectivo de personas con síntomas compatibles con COVID-19 agudo que no se han sometido a RT-PCR, o con resultados negativos o no concluyentes; 2) la estimación del momento de la infección para ayudar a definir el período infeccioso; y 3) la realización de encuestas serológicas para evaluar las tasas de exposición e infección en una población determinada37.
Para confirmar la infección se requiere demostrar seroconversión o un aumento de al menos cuatro veces en los títulos de anticuerpos entre el suero de fase aguda y el de fase convaleciente. Para la detección de anticuerpos frente al SARS-CoV-2, existen pruebas de serología tanto desarrolladas internamente como comerciales basadas en distintos métodos, como la inmunocromatografía de flujo lateral, los ensayos de inmunoadsorción ligados a enzimas (ELISA), la inmunofluorescencia indirecta (IFA) y las pruebas de neutralización viral38.
Financiamiento
El presente trabajo no recibió financiamiento alguno.
Conflicto de intereses
Los autores declaran no tener conflicto de intereses.
Consideraciones éticas
Protección de personas y animales. Los autores declaran que para esta investigación no se han realizado experimentos en seres humanos ni en animales.
Confidencialidad, consentimiento informado y aprobación ética. El estudio no involucra datos personales de pacientes ni requiere aprobación ética. No se aplican las guías SAGER.
Declaración sobre el uso de inteligencia artificial. Los autores declaran que no utilizaron ningún tipo de inteligencia artificial generativa para la redacción de este manuscrito.
